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Traquer la biodiversité grâce à l’ADN

Détecter des espèces discrètes, voire invisibles, c’est aujourd’hui possible, grâce à l’ADN présent dans l’environnement. Une technique qui révolutionne les études naturalistes et les comptages écologiques, dans tous les milieux où la vie se cache.

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Publié le 28 mai 2018 à 17h05, modifié le 29 mai 2018 à 12h37

Temps de Lecture 12 min.

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Echantillon prélevé dans une mare, dont on extrait ensuite l’ADN environnemental en laboratoire.

Le protocole est souple comme une porte de prison. Onze points, de quoi couvrir le corps d’un scientifique de la pointe des surchaussures au sommet de la charlotte, avec combinaison stérile, masque et double paire de gants, le tout à usage unique. L’entrée dans le laboratoire s’effectue par un sas, maintenu en surpression pour repousser les impuretés. Tout objet extérieur doit rester dehors. « Même le calepin », a précisé Tony Dejean. Le maître des lieux explique : « Chaque détail compte, la moindre contamination fausserait tous les résultats. Ici, c’est un peu Les Experts Miami, sauf qu’on ne s’intéresse pas aux hommes. Nous sommes la police scientifique de l’environnement. »

Spygen, la start-up qu’il a créée en 2011 au Bourget-du-Lac (Savoie), s’est en effet fixé pour mission d’« améliorer le suivi et la conservation de la biodiversité à l’échelle mondiale ». Pas en envoyant des enquêteurs aux quatre coins du monde observer les espèces en voie d’extinction, mais en traquant leur présence dans les sols, sédiments, matières fécales ou simplement dans l’eau recueillie sur place.

Ce champ de la recherche, qui s’apprête à bouleverser notre mode d’observation de la nature, et par là sa connaissance, a un nom : ADN environnemental. Balbutiant il y a encore cinq ans, il connaît une véritable explosion avec quelque 170 articles publiés au cours des cinq premiers mois de 2018 contre 20 pour toute l’année 2013.

Le 2 mai, par exemple, des scientifiques français décrivaient dans la revue Science Advances la mise en évidence du « code-barres » de requins supposés disparus dans l’eau de mer au large de la Nouvelle-Calédonie. Quelques mois plus tôt, des Américains établissaient la présence d’une faune inconnue autour d’Anvers Island, dans l’Antarctique. Dans tous les milieux, mammifères, amphibiens, poissons, oiseaux, plantes ou champignons livrent leurs secrets. « C’est assez vertigineux, commente, admiratif, Claude Miaud, écologue à l’Ecole pratique des hautes études, à Montpellier. On peine à voir les limites de cette méthode. »

La découverte d’ADN ancien dans le permafrost, comme ici dans le nord du Canada, a ouvert la voie à la recherche de traces génétiques d’espèces dans tous les milieux.

Petits bouts de génome

Comme dans les enquêtes criminelles, le défi consiste à relever des traces génétiques là où personne n’imaginerait les dénicher. Sauf qu’en l’espèce, ce ne sont pas les cellules vivantes d’une plante ou d’un animal, susceptible d’apporter son code génétique complet, que l’on cherche. « Ce serait trop facile », ironise le chercheur Danois Eske Willerslev.

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